Die Baugenehmigung ergeht aufgrund einer rechtlich gebundenen Entscheidung nach Art. 68 Abs. 1 S. 1 BayBO. Dieser rechtlich gebundene Anspruch stellt den Ausfluss der Eigentumsfreiheit nach Art. 14 Abs. 1 GG dar, der auch eine grundsätzliche Baufreiheit umfasst, weil der Schutz des Eigentums es einschließt, dass man sein Grundstück beliebig nutzen und damit auch bebauen darf. Man spricht in diesem Zusammenhang auch von einem präventiven Verbot mit Erlaubnisvorbehalt.

Die Baugenehmigung als zentraler Verwaltungsakt im Bauordnungsrecht stellt aufgrund des Erfordernisses eines Antrags (vgl. Art. 64 BayBO) zunächst einen so genannten mitwirkungsbedürftigen Verwaltungsakt dar. Weil er auch die Interessen und Rechte Dritter berührt (insbesondere der Grundstücksnachbarn), stellt er zudem einen Verwaltungsakt mit Doppelwirkung i.S.d. § 80a VwGO dar. Letztlich handelt es sich um einen dinglichen bzw. sachbezogenen Verwaltungsakt (vgl. Art. 54 Abs. 2 S. 3 BayBO), da eine Baugenehmigung auch für und gegen den Rechtsnachfolger gilt.

Eine erteilte Baugenehmigung entfaltet zunächst Gestattungswirkung nach Art. 68 Abs. 5 BayBO; sie stellt die entscheidende Voraussetzung für den Beginn mit der Ausführung des baulichen Vorhabens dar. Daneben entfaltet diese eine so genannte Feststellungswirkung für die von der Baugenehmigungsbehörde in der Baugenehmigung behandelten Fragen; mit anderen Worten enthält sie die Aussage, dass das bauliche Vorhaben im Hinblick auf die in ihr behandelten Fragen mit den öffentlichen-rechtlichen Anforderungen vereinbar ist.

Die erteilte Baugenehmigung erlischt nach Art. 69 Abs. 1 BayBO, wenn nicht innerhalb von vier Jahren nach ihrer Erteilung mit der Ausführung des Bauvorhabens begonnen wird oder die Bauausführung vier Jahre unterbrochen wird; Hemmung tritt durch Rechtsbehelfe bis zur Unanfechtbarkeit der Genehmigung ein.