Bis zum Inkrafttreten des Lissabon-Vertrages wurde zwischen den Organen der Europäischen Gemeinschaft und den Organen der Union unterschieden. In Art. 7 Abs. 1 EGV wurden die Organe der Gemeinschaft genannt. Diese Gemeinschaftsorgane konnten in den Bereichen der zweiten Säule der Union (GASP) und der dritten Säule (PJZS) nicht in den Handlungsformen des Art. 249 EGV

Heute in Art. 288 AEUV. tätig werden. Es war strittig, ob die in Art. 7 EGV genannten Gemeinschaftsorgane überhaupt Organe der EU waren oder von der EU nur zur Erledigung der intergouvernementalen Zusammenarbeit eingesetzt werden konnten. Aus der Formulierung des Art. 5 EUV a.F. wurde teilweiseStreinz Europarecht Rn. 41. abgeleitet, dass es sich auch um EU-Organe handele, da hier bestimmt werde, dass sie ihre Befugnisse im Übrigen nach den Bestimmungen des EUV a.F. ausübten. Die im EUV a.F. geregelten Politikbereiche als intergouvernementale Zusammenarbeitsfelder sprachen wiederum dafür, dass nur der Europäische Rat, der ja auch als einziges Organ im EUV a.F. direkt geregelt wurde, Organ der EU a.F. war und die anderen im EGV geregelten Organe im Rahmen der ihnen im EUV a.F. zugewiesenen Aufgaben als EG-Organe nur unterstützend für die EU tätig werden sollten.Arndt/Fischer/Fetzer Europarecht S. 19.

Die Befugnisse und Verpflichtungen aller Unionsorgane ergeben sich aus dem EUV und dem AEUV.