Auch die grenzüberschreitende Verlustverrechnung kann dazu führen, dass in Deutschland der steuerpflichtige Gewinn gemindert wird. So kann ein Gewerbetreibender im Ausland eine verlustbringende Betriebsstätte gründen. Im Rahmen von § 2 Abs. 3 EStG muss wegen des Welteinkommensprinzips auch der Verlust der ausländischen Betriebsstätte berücksichtigt werden. Jedoch sieht § 2a EStG hierfür Einschränkungen vor. Demnach dürften grundsätzlich nur Verluste ausländischer Betriebsstätten nur mit positiven Einkünften der jeweils selben Art aus demselben Staat verrechnet werden.

Auch im Rahmen einer Organschaft findet eine Verlustverrechnung statt. Jedoch erlaubt dies § 14 KStG nur, wenn die verlustbringende Organgesellschaft ihre Geschäftsleitung im Inland hat und der Bundesrepublik Deutschland das Besteuerungsrecht über den zugerechneten Gewinn beim Organträger zukommt. Die Niederlassungsfreiheit nach Art. 49 AEUV erfordert aber die Möglichkeit einer auch grenzüberschreitenden Verlustverrechnung innerhalb der Organschaft, wenn die im EU-Ausland ansässige Organgesellschaft sog. finale Verluste erleidet, d.h. wenn diese Organgesellschaft alle Verlustverrechnungsmöglichkeiten ausgeschöpft hat und auch künftig keine Möglichkeit des Verlustvortrags mehr gegeben sein wird (v.a. bei Liquidation).