Die Behandlung von Entnahmen und Einlagen bei der Einnahmeüberschussrechnung ist gesetzlich nicht geregelt. Sie dürfen sich jedoch nicht auf den Gewinn auswirken.

Eine Entnahme von Betriebsvermögen führt dazu, dass ein früher vorgenommener Betriebsausgabenabzug rückgängig gemacht werden muss. Denn die zuvor angenommene betriebliche Veranlassung der Aufwendungen stellt sich mit der Entnahme quasi als falsch heraus. Demnach führt die Entnahme zu Betriebseinnahmen.

Bei Einlagen verhält es sich ähnlich. Sie führen bei Veräußerung des entsprechenden Wirtschaftsguts zum Ansatz von entsprechenden Betriebsausgaben. Denn wegen des Grundsatzes der Gesamtgewinngleichheit dürfen sich Einlagen auch bei der Einnahmeüberschussrechnung nicht auf den Gewinn auswirken. Dies stellt ein entsprechender Betriebsausgabenabzug sicher.